הטיפול בקנדידה נעשה משלושה כיוונים:
1. פגיעה ישירה בקנדידה עצמה,
2. שיקום הפלורה של המעיים
3. תמיכה בכבד והקפדה על תזונה נכונה.
על מנת להעניק טיפול מוצלח יש לפעול לפי העקרונות הבאים:
1. לאבחן את הגורם לזיהום הפטרייתי - קנדידה
2. לבנות עבור המטופל טיפול אינדיבידואלי,
3. דיאטה אנטי פטרייתית