קנדידה במעיים היא חלק מהפלורה - האוכלסיה של חיידקים ובקטריות השוכנים דרך קבע במעיים, במקביל להמצאות חיידקים "טובים" - פרוביוטיים ממשפחת האצידופילוס. כאשר הקנדידה נמצאת באיזון לאוכלסיית החיידקים "הטובים", אין היא גורמת שום נזק, כנראה שהיא מביאה גם תועלת, כי היא משתתפת בפינויי האשפה. במצב זה , הקנדידה נמצאת בעמדת מיעוט, היא במצב של ייצור חד תאי שאינו מפריע.
כאשר מופר האיזון, למשל על ידי לקיחת תרופות מסוג אנטיביוטיקה, הקנדידה מתרבה במהירות, ונעשית אלימה. היא מתקיפה את דפנות המעיים. היא מתיישבת על הדפנות ושולחת תפטיר (- שורשים של פטריה) לעומק דפנות המעי, הגורמים לחרירות המעיים. חורים זעירים אלה, מאפשרים לפרודות - מולקולות מזון, שלא עברו פירוק ועיכול מלאים, לעבור למחזור הדם. התוצאה ממעבר זה , היא תגובה אלרגית. נוגדנים מזהים גופים זרים, ומפעילים את מערכת ההזעקה. ככל שתהליך זה נמשך, נוצרים יותר ויותר נוגדנים, ויותר סוגים של נוגדנים לסוגי מזון שונים.
ראה פסקה: מתי הופכת הפטרייה לאלימה?
